بر خلاف اظهارات مدیران پرسپولیس، کنار گذاشته شدن کریم باقری از کادرفنی پرسپولیس به دلیل توصیه نهادهای ذیربط نبوده و این مربی مشکل خاصی برای ادامه کارش در این تیم نداشته است.
بر اساس اسناد و مدارک مالی و خزانهداری فدراسیون فوتبال، کریم باقری به عنوان دستیار دراگان اسکوچیچ، برای هر بازی تیم ملی دستمزد ۱۵۵ میلیون تومانی بعنوان حقوق و مزایا دریافت کرده است.