بارها نسبت به استعمال قلیان و مضرات آن هشدار داده شده و چند اشتباه رایج درباره آن وجود دارد؛ یکی از آنها کاهش سموم موجود در دود قلیان با عبور از آب است، اما این ادعا واقعیت ندارد و برخلاف این عقاید،دود منتشره از قلیان حاوی مقادیر بیشماری از مواد سمی است.