آیت الله سیستانی با جدایی اقلیم کردستان عراق مخالفت کرد مرجع عالی شیعیان عراق طی پیامی، با جدایی اقلیم کردستان از این کشور مخالفت کرده و از مسئولان کردستان خواست به خاطر مردم این اقلیم به اصول قانون اساسی بازگردند.