چشمه‌علی، یکی از ارزشمندترین محوطه‌های باستانی ایران، در معرض خطر نابودی کامل قرار دارد. از خشکی چشمه گرفته تا تخریب آثار تاریخی و حفاری‌های غیرمجاز، هیچ اقدام جدی برای حفاظت از این میراث ملی انجام نشده است.